引用格式: 何牧君, 郭力, 严历, 大规模并行粒子模拟系统通信性能优化研究与分析, 计算机与应用化学, 2008, 25(9):1098-1102

标题：大规模并行粒子模拟系统通信性能优化研究与分析

作者: 何牧君, 郭力, 严历；中国科学院过程工程研究所多相复杂系统国家重点实验室：高性能计算与化学信息学课题组

关键词: 粒子模拟; 并行计算; Open MPI; 英特尔L/O加速技术; GAMMA

摘要：随着粒子模拟在化工、材料、生物等领域应用不断深入,计算规模越来越大,运行一个作业需要的高性能集群节点数也越来越多。因此,降低网络通信所占总运行时间开销成为提高粒子模拟系统整体运行性能的关键环节之一。本文测试了不同MPI消息传递环境、英特尔I/O加速技术以及网络设备驱动参数设置在多相复杂系统国家重点实验室高性能计算集群上的性能发挥情况,并通过优化有效提高了网络通信性能。最后对GAMMA等用户层通信协议替代TCP/IP通信协议进行了初步的可行性测试。