引用格式: 袁小龙, 李晓霞, 郭力, 聂峰光, 开源软件在化学数据库分子结构检索中的应用, 计算机与应用化学, 2008, 25(9):1143-1146

标题：开源软件在化学数据库分子结构检索中的应用

作者: 袁小龙; 李晓霞; 郭力; 聂峰光；中国科学院过程工程研究所多相复杂系统国家重点实验室：高性能计算与化学信息学课题组

关键词: 化学结构检索; CDK; JOELib; 化合物子结构检索; 化学数据库; 化学信息学

摘要：分子结构检索是化学数据库必备的检索手段,利用开源化学软件是实现分子结构检索的有效途径。不同于商业软件的解决方案,开源本身就体现了经济性和可重复开发的特点。本文利用Java开源化学软件开发工具包如Chemistry Development Kit(CDK)、JOELib的基本构件,基于JSP+Servlet+Bean+MySQL技术搭建了一个网络化学数据库结构检索平台。其中包括分子全结构和子结构检索,并实现了在线提交分子和化合物结构的三维显示等。对包含12万化合物结构信息的数据库的测试表明,该系统在经过预处理和一系列优化措施下,实现了较好的检索性能。